【干货分享】32个常用生信分析工具，建议收藏

常用生信分析工具，希望对科研的人有帮助！

CRISPRCas在线预测工具	https://crisprcas.i2bc.paris-saclay.fr/CrisprCasFinder/Index
ORF在线预测工具	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
NCBI-BLAST序列比对	https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Promoter Scan 启动子预测	https://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
String 蛋白互作网络	https://string-db.org/cgi/input.pl
Mfold RNA二级结构	http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold
Genecard 基因信息查找	https://www.genecards.org/
ESPript 序列展示‍	http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
BioMart Gene ID转化	http://asia.ensembl.org/index.html
Venny2.0 韦恩图	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
Ternary plot maker 三元图	https://www.ternaryplot.com/
FGENES 基因结构分析	http://softberry.com/
iTOL 系统发育分析	https://itol.embl.de/
Evolview 美化进化树	https://www.evolgenius.info/evolview/#login
PredictProte 蛋白一级结构预测	https://www.predictprotein.org/home
SWISS-MODEL 蛋白三级结构预测	https://swissmodel.expasy.org/
Pfam 蛋白结构域预测	http://pfam.xfam.org/search
CIRCOS 圈图	http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
SignalP 信号肽预测	http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
CellMarker 细胞标记	http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/
circBase数据库 circRNA	http://www.circbase.org/
deepBase数据库 small RNA	http://rna.sysu.edu.cn/deepBase/
starBase数据库 ceRNA	http://starbase.sysu.edu.cn/index.php
miRSponge数据库	http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/
NONCODE数据库	http://www.noncode.org/
TANRIC数据库 lncRNA	https://bioinformatics.mdanderson.org/public-software/tanric/
CIRCpedia 数据库	http://www.picb.ac.cn/rnomics/circpedia/
TMHMM Server v. 2.0 跨膜结构域	http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
ProtParam tool	http://web.expasy.org/protparam/
Coexpedia 基因共表达网络	http：//www.coexpedia.org/
Exon-Intron Graphic Maker基因结构绘制	http://www.wormweb.org/exonintron
heatmapper 热图绘制	http://www.heatmapper.ca/expression/

后期，小编也会持续更新，欢迎收藏！

要点预览

医药加|TCGA,GEO生信高通量数据挖掘学习班

（三天  网络精讲班，回放视频+zoom会议）

为帮助广大初学者和具有一定基础的研究者能更好掌握生信分析的套路与常用技能， 考虑目前在疫情期间的实际情况，我们决定在线zoom召开【TCGA,GEO生信高通量数据挖掘（三天网络精讲）学习班】，为了保证学习效果，我们采用国际顶级的ZOOM网络会议平台授课，效果体验好！

培训简介

2019年度国家自然基金医学科学部共批资助10138项目，批助金额总计441310万元。其中面上项目数量占45%，金额占57%；青年科学基金项目数量占43%，金额占20%。

初步统计，这些项目中大部分都与编码基因有直接或间接的关联。其中，与通路（pathway）关联的有1349项，金额4.89亿；与miRNA相关的有630项，金额2.3亿；与lncRNA相关的有395项，金额1.45亿； 

如何获得有创新意义的疾病靶标基因（mRNA，Protein，lncRNA，circRNA，miRNA，Mutation等）是项目申请及文章写作时最常见的问题。基于这个目的，我们开展了该培训班：TCGA&GEO高通量数据挖掘。

癌症是临床医学中非常重要的疾病方向。TCGA数据库中包含了常见了40种癌症方向（含30000个样本）的高通量数据及临床信息。大家对TCGA数据库的使用近几年也在逐渐增加！另外，其他疾病的研究可以通过GEO数据库进行。

项目类型	题目	金额/万元
重点项目	FXYD3介导的信号网络对肠道黏膜免疫稳态的调控研究	300
重点项目	基于蛋白-蛋白相互作用精准调节转录因子Nrf2活性及探索其作为肝细胞癌治疗的新靶标	298
重点项目	miR-23b/24-1簇防治烧伤后脓毒症所致MODS的系统研究	297
面上项目	LZTR1基因突变导致的RAS/MAPK通路过度激活以及Noonan综合征相关肥厚型心肌病的机制研究	60
面上项目	SUGP2基因及其突变在遗传性血色病中的致病作用及其机制研究	60
面上项目	WDR73基因突变在Galloway-Mowat综合征中的致病机制研究	60
面上项目	STAG2通过ERK/AKT/GSK3β/c-Myc反馈通路调节甲状腺癌谷氨酰胺代谢的机制研究	60
面上项目	LncRNA FOXF1靶向调控动力相关蛋白1表达在缺氧诱发肺动脉内皮细胞焦亡中的作用及分子机制	55

培训预期：

通过三天的学习，我们了解生信分析思路对项目及文章的帮助，以及实操常见的数据库、在线工具和本地软件。使得学员可以自己完成一个完整的分析报告并获得疾病相关的靶标基因。

讲师简介

宋伟博士， 中国精准医疗学会委员

研究成果：参与完成了近百篇软件著作权和发明专利的撰写和申请；肺癌、胰腺癌、骨肉瘤、胃癌等数据库的分析和构建；完成个体基因检测流程和无创唐筛流程的开发。

研究方向：有近十年的生信分析经验，擅长方向有转录组测序分析、芯片数据分析、疾病机理研究分析、疾病预后与基因关联分析、项目分析思路设计以及个性化分析等，精通perl、R等编程语言。

培训经历：在上海、沈阳、济南、武汉等城市举办过十几场培训班。培训的对象有：医生、学生、科研工作者、生信爱好者等。

培训方向：《测序与芯片数据分析》、《生物信息学的魅力》、《生信文章实例解读》、《生信与实验的密切关系》、《生信与临床医学的关系》、《生信实用工具培训》、《多组学整合分析流程》、《R语言培训》等

课程安排

分析示例图

     示例图 通路富集分析结果图   

示例图 聚类热图分析

示例图 蛋白互作网络图

  示例图 pathway map图 

 示例图 关键基因的KM生存曲线图

示例图 柱状图与venn图

示例图 GSEA富集分析

学习费用

三天学费 3200元/每位（三天集中网络授课，互动性好，可开发票，可回放）

优惠政策

1. 疫情过后，可补差价参加医药加线下同名班

2. 参加过医药加同名线下班的学员，只要300元复听费用（推荐新学员的，免收复听费用）

3. 办理了SCI或者国自然VIP年卡的学员是免费参加。

4. 新学员分享朋友圈，优惠100元

5. 老学员分享朋友圈，优惠200元

注意：此次课程为线上ZOOM网络会议平台授课（有视频回放与直播互动），

报名付费成功后，提前获得培训视频与需要应用到的软件与课件，并且指导安装。

满20人就预约召开zoom网络会议，参加培训的学员课后可通过微信群继续和宋老师交流，长期获得指导机会。

可以开正规会务发票或者技术服务费发票。 

                    本次网络学习班报名通道，扫码报名